ナイトロエクスプレスのミッション攻略。
ミッションは、ストーリーよりも短い時間でクリアできるステージ多く、お金を比較的多く入手しやすい。
効率的なお金稼ぎについては、お金稼ぎに記載。
また、ストーリーと同様に、ミッションをクリアする毎にも文章業務：報告書作成の回数が1回増えるので、お金稼ぎに利用するとよい。
ミッションをクリアすると次のミッションが解禁される。
ただし、ストーリーによる制限もあり、各CASEのボスを倒さないと対応したボス撃破系のミッションは解禁されないので要注意。
追記：各ボス戦攻略を別ページにまとめました。
→各ボス戦攻略＆オススメウェポン
M01：危険コンパニオン集団排除
「敵」をすべて倒す。
汎用歩兵システムが大量に出現するステージ。
三月ウサギなど他の敵も出現するが、「敵」をすべて倒すが目標のステージは敵の種類を問わず100体倒した時点でクリアになるので、基本的には指向性地雷などを設置しつつ、射撃していれば問題ないと思われる。
M02：装甲車破壊
「大型目標」を破壊する。
CASE01のボス、97式歩兵戦闘車と戦闘。
対戦車地雷で倒しやすいため、序盤のお金稼ぎに向いているステージ。
M03：消防車両護衛
「防衛目標」を護衛する。
「防衛目標」が破壊されると失敗。
中央にある車両に向かって、左右から敵が攻撃してくる形になる。
指向性地雷などで広範囲に攻撃して処理していかないとなかなか厳しい。
クリア時報酬があまり高くないため、お金稼ぎ目的には不向きなステージ。
M04：自爆コンパニオン集団排除
「敵」をすべて倒す。
汎用歩兵システムと、自爆する違法改造コンパニオンが大量に出現するステージ。
自爆の威力が高いので要注意。
三月ウサギなど他の敵も出現するが、数が多いので貫通する指向性地雷が有効。
右は段差があって真上から来られると面倒な場面があるので、左によって右に向かって指向性地雷を使っていくと処理しやすい。
M05：水陸両用コンパニオン破壊
「大型目標」を破壊する。
CASE02のボス、代用ウミガメと戦闘。
M02と同様にお金稼ぎ向きのステージ。
M06：高層ビル警備
「敵」をすべて倒す。
高所の真ん中に少し大きめの足場と、その左右の少し上に狭い足場のあるステージに、敵が大量に出現する。
特に左右の足場に小型機を射出する敵が出現するので、放置しておくとどんどん敵が増えていくので要注意。
M07：大型重機破壊
「大型目標」を破壊する。
CASE03のボス、クレーン架装車と戦闘に。
CASE03と違い、ドラム缶はないため、対戦車地雷など爆発する武器が必要。
M08：漁業従事者研修
制限時間中「目標物」を可能な限り多く取得する。
制限時間60秒。
魚影に向かって射撃すると、対応した魚介物が飛び上がってくるので回収していく。
敵はいない。
1万点以上獲得すると大漁旗を背負った状態になる。
また、タイトル画面の朝比奈の机の上に大漁旗が置かれるように。
関連：目指せ大漁旗！漁業従事者研修攻略
M09：易損貨物搬送
「貨物」を目標地点まで搬送する。
「貨物」が破壊されると失敗。
「貨物」は以下の行動で損傷する。
・ローリング動作を行う。
・攻撃を受けてダウンする。
敵の攻撃をなるべく受けずに、左端まで進む。
ローリングしても貨物は損傷してしまうため、敵の弾はなるべくジャンプで避けるとよい。
弾を装甲で跳弾してくる敵がいるので、装甲に当てないように要注意。
M10：高所作業コンパニオン破壊
「大型目標」を破壊する。
CASE04のボス、あしゅらクンと戦闘に。
ストーリー時と違って雑魚敵が湧いてくる。
指向性地雷を設置しながら、ショットガンなどで攻撃するとよさげ？
M11：飛行コンパニオン排除
「敵」をすべて倒す。
汎用歩兵システムや、飛行して真下に爆弾を落としてくる敵が大量に出現する。
空中にいる相手にも指向性地雷は有効なので、指向性地雷を設置しながら射撃してれば問題なし。
M12：主力戦車破壊
「大型目標」を破壊する。
CASE05のボス、11式改戦車と戦闘に。
戦闘自体はストーリーと大差ないため、道中でHPを削られない分ストーリーより比較的楽かも？
戦車の上部にある円筒部分にEMP DRONEのEMP爆発を当てるとすぐにダウンさせることができる。
背面の弱点部分は爆発系の武器でダメージを与えやすいが、1回のダウンで倒し切るにはどれも火力が微妙に足りない。
そのため、まず初めに少し左に戦車をおびき寄せてからEMP爆発を当ててダウンを取って、ダウンした戦車にANTI-TANK MINEを3個設置→グレネードランチャー6発打ち切り→後ろに下がりながらリロード（この辺りでダウン復帰）→30％溜まったらANTI-TANK MINE設置→グレネードランチャー後ろに下がりながら撃つと1回のダウンで倒せる。
M13：駅構内警備
「防衛ライン」を守備する。
敵が「防衛ライン」を越えると失敗。
敵が右から大量にやってくるので、左端に到達されないように倒す必要がある。
装甲で弾を跳ね返す敵やドリルで突っ込んでくる敵、ジャンプで飛んでくる敵が多い。
地味にジャンプで飛んでくる敵が厄介。
ジャンプする敵が画面外をジャンプしてるのに気づかずに、いつの間にか防衛ラインを越えて失敗ということがあるため、指向性地雷などを使ってジャンプする敵をきっちり処理しておきたい。
M14：攻撃ヘリコプター破壊
「大型目標」を破壊する。
CASE06のボス、バリスタと戦闘。
指向性地雷で弱点のローターに当てることができる。
ライフルなども有効？
ストーリーと違い、バリスタだけでなく、パイルバンカーを撃ってくる敵も出現するので要注意。
ANTI-TANK MISSILEを弱点であるローター部分に当てると瞬殺できるが、当てるのが難しい。
M15：車両破壊工作
制限時間中「目標物」を可能な限り多く破壊する。
制限時間60秒。
車を壊していくステージ。
歩兵は大量に出現するため、指向性地雷や火炎放射器など貫通するガジェットを使って車と歩兵両方破壊していくと良い。
右端の方まで車を壊すと、中央から左端辺りまでの車が復活しているので、戻りながら破壊していくとよい。
M16：キック力評価試験
制限時間中「目標物」を可能な限り遠くへ近接攻撃で蹴り飛ばす。
「目標物」はダメージが大きいほど遠くへ飛ぶ。
制限時間10秒。
できるだけダメージを与えた後に、斜め上45前後を向いた状態で蹴ることで遠くに飛ぶ。
110m？以上飛ばすとホームランになる。
ホームランの出し方はお金稼ぎや、目指せホームラン！キック力評価試験で250m以上出す方法に記載。
M17：未確認コンパニオン排除
「敵」をすべて倒す。
大型走禽類様のコンパニオンや、自爆するコンパニオンが多く出現する。
指向性地雷を設置しながら射撃していけば問題ないが、自爆に要注意。
M18：コンパニオン工場破壊
「大型目標」を破壊する。
CASE07のボス、製造ライン監視コンパニオンと戦闘に。
歯車や電撃装置が来るとかなり面倒な相手だが、雑魚敵が出現しないため、比較的楽。
EMP DRONEのEMP爆発2回当てればほぼダウン寸前になるため、K9が攻撃してくれるか、銃で少し撃てばダウンさせることができ歯車や電撃装置を処理できる。
ダウンさせたらDOUBLE BARREL SHOTGUNのしゃがみ撃ちなど火力の高い銃で弱点の監視カメラを撃つといい。
瞬殺はできないが、ダウンから復帰したら再度EMP爆発2回当ててダウンを狙うといい。
M19：未確認車両破壊
「大型目標」を破壊する。
CASE08のボス、KAMUIと戦闘に。
ストーリー中と違い、雑魚敵の汎用歩兵システムが無限湧きしてくるのが地味に厄介で、引き撃ちしてるとビームや機銃を避けづらく、足元のほうに回るとグレネードに巻き込まれやすくなるなど汎用歩兵システムを相手にしているとKAMUIの攻撃に対して立ち回りが辛くなる。
ストーリー時と同様にANTI-TANK MISSILEを砲台に当てれば大ダメージを与えられ、DOUBLE BARREL SHOTGUNのしゃがみ撃ちで追い打ちすれば瞬殺できるのだが、歩兵システムに邪魔されやすいため、瞬殺はかなり狙いづらい。
M20：大深度地下斜坑調査
「地下施設」を調査し帰還する。
敵を倒すと「帰還」「続行」のスイッチが出現する。
「帰還」のスイッチを押すと帰還が可能。
一定距離下りるとランダムでボスが出現するボスラッシュ的なステージ。
このボス戦時には雑魚敵が無限湧きするため、通常時よりも厳し目になっている。
ボスを倒すと、帰還スイッチと続行スイッチが出現する。
帰還スイッチに近接攻撃すると帰還。
続行スイッチに近接攻撃すると続行し、さらに下層へ進むことができる。
この時微量にHPが回復する。
B10F（海抜197m）まで進むとイベント、帰還すると携帯型光帯照射器が調達可能に。
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